[11757] 軽減税率不適用法人に該当となった。もしくは非該当に戻った場合の設定は自動で変更されるのか。

自動で変更されないため、手動で変更する必要があります。

「地方税の共通情報」-「軽減税率不適用法人」-「該当」を選択します。