以下の２つの可能性が考えられます。

①備考欄にe-Taxで利用できない文字が含まれている

②データ読み込み後の備考欄の文字数が、e-Tax仕様上の入力可能文字数100文字を超えている

<補足>
これまで別表十六（一）・別表十六（二）・別表十六（四）等の備考欄はデータ読み込み対象外でしたが、法人税・地方税 令和5年度版よりデータ読み込みの対象となりました。
法人税・地方税側では1列につき備考欄が1つありますが、e-Taxでは1ページにつき備考欄が1つのため、
「列１：備考Ａ　列２：備考Ｂ」のように、1ページ内の備考欄の内容を1つにまとめて読み込みを行っています。