マイナンバーカード（個人番号カード）で署名を行う場合、これまで住基カードで署名をするときに利用していた「JPKI利用者ソフト」をマイナンバーカード対応のバージョン（Ver3.0以降）にする必要があります。
マイナンバーカードで署名ができない場合は、最新版の「JPKI利用者ソフト」がインストールされているかをご確認ください。
また、署名するときに認証局一覧より「公的個人認証サービス（番号カード）」が選択されているかもご確認ください。
＜参考＞
プログラム一覧より [公的個人認証サービス]-[JPKI利用者ソフト] を起動し、バージョンを確認してください。
公的個人認証サービス ポータルサイト
[10673] マイナンバーカードで署名ができない
