いくつかの原因が考えられます。

住宅借入金等特別控除額の計算明細書の画面を開き、以下の点を確認して下さい。
 

・「９．(特定増改築等)住宅借入金等特別控除額」欄の該当番号が入力されているか。

　１から11までの該当番号を入力して下さい。
 

・居住開始年月日が正しく入力されているか。

　年号から日まで正しく入力されていないと計算されません。
 

・契約区分が選択されているか。
 

・合計所得金額が3,000万円以下か。(下記赤枠については2,000万円以下)
 

　
合計所得金額が3,000万円(赤枠は2,000万円)を超えている場合には、特別控除の適用は受けれません。
 

・連帯債務ではない場合に付表に入力をしていないか。

　付表D合計等(1)に入力があれば0円にして下さい。